Jste zde

it4i.cz

Přihlásit se k odběru zdroj it4i.cz
národní superpočítačové centrum
Aktualizace: 12 hodin 53 min zpět

16. kolo veřejné grantové soutěže

Po, 04.02.2019 15:36
Veřejná grantová soutěž je vypisována pravidelně 3x ročně pro zaměstnance výzkumných, vědeckých a vzdělávacích organizací, dále také osob, které získaly a/nebo se podílí na realizaci výzkumného grantu z veřejných zdrojů České republiky. Termín podání žádosti: 4.2.2019 – 1.4.2019 Výsledky budou oznámeny: 20.5.2019 Využití alokovaných zdrojů: Předpokládaný začátek čerpání 27.5.2019 (předpokládaný konec čerpání 21.2.2020, 22.6.2020, 22.10.2020). V 16. kole veřejné grantové soutěže poprvé také rozdělujeme výpočetní zdroje nového superpočítače. Zároveň dochází ke změnám mechanizmu hodnocení a alokací.
Zavádíme „multi-year“ přístup.

Informace o soutěži

Formulář žádosti:

  • Formát DOCX
  • Formát ODT

Vyplněnou žádost podávejte skrze webový portál.

Hodnocení žádosti

Historie soutěží

Další kolo: 6.6.2019

Pozvánka na kurz Parallel visualization of scientific data using Blender (26/03/2019)

Út, 29.01.2019 11:32
Kdy: úterý 26. března 2019 9.30-16.30 hod. Kde: areál VŠB-TUO v Ostravě-Porubě, budova IT4Innovations, místnost 207 Jazyk: angličtina Podrobnější informace o kurzu, který IT4Innovations pořádá jako PRACE Training Centre (PTC),
naleznete na jeho (anglické) webové stránce: http://events.prace-ri.eu/e/Blender-2019 Případné dotazy směřujte na naši e-mailovou adresu:
training[at]it4i.cz Skupina pro vzdělávání IT4Innovations

Výzva k podávání žádostí o výpočetní čas na systémech Tier-1 (PRACE DECI-15)

Pá, 25.01.2019 9:28

Uživatelé HPC mají opět možnost zažádat si o výpočetní čas na systémech Tier-1 v rámci programu
PRACE DECI-15. Žádosti je možné posílat do 28. února 2019. Úspěšným žadatelům bude přístup k systémům přidělen na dobu 12 měsíců od 3. června 2019. Další informace o této grantové soutěži naleznete na stránce http://www.prace-ri.eu/deci-15-call/

Nabídka letních stáží PRACE Summer of HPC 2019

Po, 21.01.2019 11:45

Studenti vysokých škol (bakalářských a magisterských studií) se mohou do 25. února 2019 přihlásit do programu PRACE Summer of HPC 2019, který nabízí letní stáže v superpočítačových centrech po celé Evropě. Studenti si mohou vybrat z řady zajímavých projektů, které nabízejí centra z Velké Británie, Irska, Lucemburska, Itálie, Španělska, Řecka, Německa, Nizozemí, Slovinska, Slovenska a z České republiky. Na konci stáží studenti vypracují závěrečné zprávy a připraví vizualizaci či video shrnující výsledky projektu. Také IT4Innovations bude stejně jako v předchozích ročnících i letos hostit zahraniční studenty. Vybraní studenti nejdříve absolvují týdenní školení z vysoce výkonného počítání (HPC) v superpočítačovém centru CINECA v Bologni (Itálie) a poté se rozjedou do svých letních působišť. Panevropská výzkumná infrastruktura PRACE (Partnership for Advanced Computing in Europe) všem hradí náklady na cestu, ubytování a také stipendium. Předchozí zkušenosti s HPC nejdou vyžadovány. Předpokladem jsou základní znalosti z oblasti kódování, touha učit se a sdílet své zkušenosti ze stáže na blogu programu a/či sociálních sítích. Datum konání stáží: 1. července – 31. srpna 2019 Více informací o programu PRACE Summer of HPC: https://summerofhpc.prace-ri.eu/ Seznam projektů pro rok 2019: https://summerofhpc.prace-ri.eu/projects-2019/ Registrace na stáže – do 25. února 2019: https://events.prace-ri.eu/event/845/registrations/586/

Účastníci programu PRACE Summer of HPC 2017 na volnočasové aktivitě během týdenního školení
v Ostravě

Pozvánka na přednášky zahraničních specialistů na Image Processing a Machine Learning

Út, 15.01.2019 9:16

Srdečně Vás zveme na přednášky zahraničích hostů Christiana Dietze (KNIME) a Floriana Juga (Max Planck Institute, Dresden), které se uskuteční v IT4Innovations v úterý 22. 1. 2019 ve 12:30–14:00. Přednášky v jazyce anglickém jsou otevřené široké veřejnosti. Christian Dietz: KNIME Image Processing: Status Quo and Future Directions

KNIME Analytics Platform is an easy to use and comprehensive open source data integration, analysis, and exploration platform designed to handle large amounts of heterogeneous data. The over 2,000 available modules („nodes“) cover each step of a data analysis workflow; they integrate data types and functionality from various domains, including image processing, cheminformatics, or bioinformatics. Many of these nodes are provided through open source integrations, e.g. Keras and Tensorflow for deep learning, Apache Spark for big data processing, H2O for high performance machine learning, Python and R for scripting and plotting, RDKit for cheminformatics, to name only a few. The KNIME Image Processing extensions for KNIME Analytics Platform integrate well known open source tools from the field of bioimage analysis (e.g. ImageJ2/FIJI, ImgLib2, OMERO, Ilastik, BigDataViewer or CellProfiler). Leveraging the functionality that is provided by KNIME Analytics Platform, users can design complex end-to-end image analysis workflows, capable of processing multi dimensional images and videos at a large scale through to the subsequent machine learning, statistical analysis, or visualization. Here we showcase KNIME Analytics Platform and introduce new features in KNIME Image Processing, including KNIME Deep Learning. Furthermore, as technological advances in microscopy in recent years have made the automated acquisition of richer (and much larger) imaging datasets possible at much higher rates, we take a closer look at our current developments. We illustrate ongoing joint efforts with other open source projects such as ImageJ-Ops to tackle next-generation analysis challenges in future versions of KNIME Image Processing.

Florian Jug: Content-Aware Image Restoration for Light and Electron Microscopy

In recent years, fluorescent light microscopy and cryo-electron microscopy saw tremendous technological advances. Using light microscopes, we routinely image beyond the resolution limit, acquire large volumes at high temporal resolution, and capture many hours of video material showing processes of interest inside cells, in tissues, and in developing organisms. Cryo-electron microscopes, at the same time, are capable of visualizing cellular building-blocks in their native environment at close to atomic resolution. Despite these possibilities, the analysis of raw images is usually non-trivial, error-prone, and cumbersome. Here we show how machine learning, ie. neural networks, can help to tap the full potential of raw microscopy data by applying content-aware image restoration (CARE) techniques. Several examples in the context of light microscopy (LM) and cryo-electron microscopy (EM) illustrate how downstream analysis pipelines lead to improved (automated) results when applied to content-aware restorations. While our recently published results on LM data[1] do profit from the fact that single high-quality, low-noise acquisitions can directly be imaged, cryo-EM does not offer this possibility. For this reason we developed CARE variations[2] that do not require the acquisition of high-quality examples but can be trained from multiple noisy or even single noisy images (unpublished at the time this abstract was written). [1] M Weigert, U Schmidt, et al.; Content-aware image restoration: pushing the limits of fluorescence microscopy; bioRxiv, 236463
[2] TO Buchholz, M Jordan, G Pigino, F Jug; Cryo-CARE: Content-Aware Image Restoration for Cryo-Transmission Electron Microscopy Data; arXiv preprint arXiv:1810.05420 Přednášky se budou konat v rámci hackathonu pořádaném v IT4Innovations národním superpočítačovém centru v atriu a jsou organizovány v rámci projektu IT4Innovations národní superpočítačové centrum – cesta k exascale (CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_013/0001791) realizovaného v rámci OP VVV.

IT4Innovations Newsletter Q4/2018

Po, 14.01.2019 9:51
IT4Innovations Newsletter Q4/2018

Získali jsme certifikáty bezpečnosti informací ISO 27001

Pá, 11.01.2019 9:39

IT4Innovations národní superpočítačové centrum je od prosince 2018 držitelem certifikátů systému managementu bezpečnosti informací podle normy ISO 27001 (ISO/IEC 27001:2013, ČSN ISO/IEC 27001:2014). Certifikát ISO 27001 jsme získali v oboru

  • poskytování služeb národní superpočítačové infrastruktury,
  • řešení výpočetně náročných úloh,
  • realizace pokročilých datových analýz a simulací
  • a zpracování rozsáhlých datových sad

a je dokladem o tom, že IT4Innovations má zaveden a neustále zlepšuje mezinárodně uznávaný systém řízení bezpečnosti informací, řídí rizika, má zavedeny procesy a pravidla tak, aby v maximální možné míře zabezpečily informace před zneužitím, neoprávněnou změnou nebo jejich ztrátou.


SOUTĚŽ: Hledá se jméno pro superpočítač

Čt, 20.12.2018 8:00
SOUTĚŽ: Hledá se jméno pro superpočítač

Nová publikace IT4Innovations digitální inovační hub

Čt, 13.12.2018 9:50
Nová publikace IT4Innovations digitální inovační hub

Pozvánka na kurz Developing efficient HPC applications for the latest CPU architectures with C++ and Fortran (14-15/01/2019)

St, 28.11.2018 10:15
Kdy: Kdy: pondělí 14. ledna 2019 9.30 hod. – úterý 15. ledna 2019 15.30 hod. Kde: areál VŠB-TUO v Ostravě-Porubě, budova IT4Innovations, místnost 207 Jazyk: angličtina Podrobnější informace o kurzu, který IT4Innovations pořádá jako kurz PRACE,
naleznete na jeho (anglické) webové stránce: http://events.prace-ri.eu/e/Arch-2019 Případné dotazy směřujte na naši e-mailovou adresu:
training[at]it4i.cz Skupina pro vzdělávání IT4Innovations

Cenu nejlepší poster největší mezinárodní superpočítačové konference získali naši kolegové

Po, 26.11.2018 14:16


Zúčastnili jsme se 30. ročníku Superpočítačové konference (Supercomputing Conference, SC), největšího celosvětového setkání vědců a firem z oblasti vysoce výkonného počítání. Letošní ročník se konal 11.-16. listopadu v americkém Kay Bailey Hutchison Convention Center Dallas a navštívilo jej více než 13 tisíc účastníků. Nedílnou součástí konference je posterová sekce, do níž se přihlásilo 165 účastníků z celého světa. Po přísném přezkumném řízení bylo k prezentaci na konferenci přijato 93 příspěvků. Odborná komise hodnotila kvalitu prezentací a výzkumné práce a cenu nejlepší poster udělila Ondřeji Mecovi, Lubomíru Říhovi a Tomáši Brzobohatému a jejich příspěvku Workflow for Parallel Processing of Sequential Mesh Databases http://numbox.it4i.cz/.

Tisková zpráva: V Ostravě navýší a zmodernizují kapacity superpočítačového centra

Pá, 09.11.2018 15:18
V Ostravě navýší a zmodernizují kapacity superpočítačového centra